Γεννήθηκε στις 10 Μαΐου του 1905 στον συνοικισμό Σκαλί της Άνω Χώρας της
Σύρου από οικογένεια καθολικών και ήταν ο πρώτος από τα έξι παιδιά του
Δομένικου και της Ελπίδας Βαμβακάρη. Η οικογένειά του ήταν φτωχή, έφερε
όμως το «μικρόβιο» της μουσικής. Ο πατέρας του έπαιζε γκάιντα και ο
παππούς του έγραφε τραγούδια.
Πριν καλά – καλά ξεκινήσει το σχολείο, ο Μάρκος αναγκάστηκε να διακόψει, διότι πήραν τον πατέρα του στο στρατό, και έπιασε δουλειά με τη μητέρα του σε ένα κλωστήριο. Τα επόμενα χρόνια δούλεψε ως χασάπης, εφημεριδοπώλης, οπωροπώλης, λούστρος, και το 1917, σε ηλικία 12 ετών, έφυγε για τον Πειραιά.
Αρχικά, εγκαταστάθηκε στα Ταμπούρια κι έπιασε δουλειά ως γαιανθρακεργάτης. Δούλεψε ακόμα ως λιμενεργάτης και ως εκδορέας στα σφαγεία, ενώ τα βράδια σύχναζε στους τεκέδες, όπου το 1924 άκουσε για πρώτη φορά στη ζωή του μπουζούκι. Εντυπωσιάστηκε και μέσα σε ελάχιστους μήνες έγινε ένας από τους καλύτερους αυτοδίδακτους μπουζουξήδες. Την περίοδο αυτή έκανε και τον πρώτο του γάμο με τη Ζιγκοάλα, την οποία όπως έλεγε μίσησε στο τέλος όσο καμία άλλη γυναίκα στον κόσμο.
Το 1925 κατατάχθηκε στο στρατό και όταν απολύθηκε άρχισε να γράφει τα πρώτα του τραγούδια. Έως το 1933 είχε γράψει πάνω από 50 τραγούδια και με την πιεστική παρότρυνση του Σπύρου Περιστέρη, o Μάρκος Βαμβακάρης γραμμοφώνησε στην Odeon τον πρώτο δίσκο με μπουζούκι στην Ελλάδα, που από τη μία μεριά είχε το «Καραντουζένι» (Έπρεπε να “ρχόσουνα μάγκα μες στον τεκέ μας) και από την άλλη μεριά το «Αράπ» (ένα σόλο ζεϊμπέκικο).
Την επόμενη χρονιά δημιούργησε με τρεις φίλους του -τον Γιώργο Μπάτη, τον Στράτο Παγιουμτζή και τον Ανέστη Δελιά- ένα πρωτοποριακό για την εποχή μουσικό σχήμα που ονομάστηκε «Η Τετράς η ξακουστή του Πειραιώς». Ο Μάρκος άνοιξε το δικό του μαγαζί στα Άσπρα Χώματα. Η αστυνομία, όμως, δεν του έδωσε άδεια. Έτσι αναγκάστηκε να το κλείσει και για πρώτη φορά έπειτα από 20 χρόνια ταξίδεψε με τον Μπάτη στη Σύρο. Έπαιξαν μαζί για περίπου δύο μήνες σ” ένα μαγαζί της παραλίας και όταν γύρισε στον Πειραιά έγραψε τη Φραγκοσυριανή, ίσως το πιο γνωστό τραγούδι του.
Η περίοδος λίγο πριν από τον Β” Παγκόσμιο Πόλεμο ήταν και η πιο παραγωγική. Τα τραγούδια του έβγαιναν σε δίσκους και ο Μάρκος έγινε περιζήτητος. Αφού περιόδευσε στη Θεσσαλονίκη, στο Βόλο, στη Λάρισα, στα Τρίκαλα και σε πολλές ακόμα πόλεις, άρχισε εμφανίσεις στον Βοτανικό, μαζί με τον Γιάννη Παπαιωάννου, τον Κώστα Καρίπη και τον Στέλιο Κερομύτη.
Με την έναρξη του πολέμου, ο Βοτανικός έκλεισε και ακολούθησαν δύσκολα χρόνια. Το 1941 πέθανε ο αδερφός του Λεονάρδος και το 1942 η μητέρα του Ελπίδα. Την εποχή εκείνη, έπειτα από παρότρυνση της μεγάλης του αδελφής, ο Μάρκος παντρεύτηκε με ορθόδοξο γάμο τη δεύτερη σύζυγό του, τη Βαγγελιώ. Για το γεγονός αυτό αφορίστηκε από την καθολική εκκλησία και μόλις το 1966 του δόθηκε και πάλι η κοινωνία των Καθολικών. Τα δύο πρώτα παιδιά τους χάθηκαν πρόωρα. Το 1944 η Βαγγελιώ γέννησε τον Βασίλη και ακολούθησαν άλλα δύο αγόρια, ο Στέλιος το 1947 και ο Δομένικος το 1949.
Μετά τον πόλεμο, ο Μάρκος Βαμβακάρης άρχισε να βγάζει ξανά δίσκους σε διάφορες εταιρίες και όλοι γίνονταν ανάρπαστοι. Το 1954 αρρώστησε με βαριά αρθρίτιδα και σταμάτησε να παίζει. Όταν θέλησε να επιστρέψει στο πάλκο, όλοι τον είχαν ξεχάσει. Η ελληνική μουσική βιομηχανία τον θεωρούσε «ξεπερασμένο» και δεν τον έπαιρνε κανένας σε κάποιο μαγαζί.
Η κατάσταση άλλαξε δραματικά το 1960, όταν έπειτα από πρωτοβουλία του Βασίλη Τσιτσάνη, κυκλοφορούν από την Columbia παλιά και καινούρια τραγούδια του Βαμβακάρη, τραγουδισμένα από τον ίδιο και από καλλιτέχνες όπως ο Γρηγόρης Μπιθικώτσης, η Καίτη Γκρέι, η Άντζελα Γκρέκα, ο Στράτος Διονυσίου, κ.ά. Το εγχείρημα σημείωσε τεράστια επιτυχία και ο Μάρκος είχε την ευκαιρία να ξαναδουλέψει στα λαϊκά πάλκα, αλλά και να δώσει συναυλίες σε πρωτόγνωρους για τους ρεμπέτες χώρους. Το 1966 έκανε την εμφάνισή του σε μπουάτ στην Πλάκα, ενώ ακολούθησε η συναυλία στο θέατρο «Κεντρικόν» το χειμώνα της ίδιας χρονιάς και στη συνέχεια πολλές εμφανίσεις στην Αθήνα και σε άλλες πόλεις της Ελλάδας.
Στις 8 Φεβρουαρίου του 1972, ο Μάρκος Βαμβακάρης πέρασε στην ιστορία, αφήνοντας μια τεράστια παρακαταθήκη.